Bảo tàng Tôn Đức Thắng hiện đang lưu giữ trên 16.100 hiện vật, tư liệu, trong đó hơn 1.170 hiện vật gốc, hầu hết số hiện vật trên được chia thành 7 sưu tập:

     1. Những phần thưởng cao quý của Chủ tịch Tôn Đức Thắng;

     2. Bút tích của Chủ tịch Tôn Đức Thắng;

     3. Phần thưởng và tặng phẩm của Chủ tịch Tôn Đức Thắng;

     4. Tặng phẩm các tổ chức, cá nhân trong và ngoài nước tặng Chủ tịch Tôn Đức Thắng;

     5. Bộ đồ nghề làm mộc và sửa xe của Chủ tịch Tôn Đức Thắng;

     6. Cuộc sống đời thường của Chủ tịch Tôn Đức Thắng;

     7. Chủ tịch Tôn Đức Thắng qua tác phẩm mỹ thuật

Hiện vật của bảo tàng có nhiều nguồn khác nhau nhưng chủ yếu được tiếp nhận từ các cơ quan, tổ chức, cá nhân hiến tặng bảo tàng. Số hiện vật này gồm nhiều chất liệu như đá, đồng, sắt, gốm sứ, xương, gỗ, giấy, vải, … đa số là hiện vật dễ hư hỏng.

Công tác kiểm kê được thực hiện theo một quy trình thống nhất, khoa học. Công tác bảo quản tuân thủ tốt các nguyên tắc cũng như phương pháp bảo quản phòng ngừa nhằm mục đích hạn chế tối đa quá trình hư hỏng tự nhiên của hiện vật do thiên nhiên hoặc do tác động của con người. Việc đảm bảo nhiệt độ, độ ẩm, không khí, ánh sáng được xem là tương đối lý tưởng đối với hiện vật đã được thực thi tại kho cùng với các vật liệu bảo quản, chất chống  mối mọt, côn trùng đã góp phần lớn trong việc đảm bảo an toàn cho các bộ sưu tập hiện vật, phim ảnh, băng từ. Cùng với bảo quản phòng ngừa, Bảo tàng đã phối hợp với các bảo tàng trung ương và các cơ quan bảo quản khác để tu sửa, phục chế những hiện vật bị hư hỏng nặng để cải tạo tình trạng hiện vật. 

Hướng tới, công tác quản lý hiện vật tiếp tục đặt ra cho Bảo tàng nhiều vấn đề cần phải định hướng giải quyết như số hóa tư liệu, tu sửa, phục chế, bảo quản hiện vật quý hiếm, nâng cao chất lượng đội ngũ làm công tác quản lý hiện vật, … nhằm quản lý tốt di sản văn hóa liên quan đến Chủ tịch Tôn Đức Thắng. 

Một số hình ảnh: